Die St. Michael geweihte Kirche ist eines der ältesten Gotteshäuser im Freiamt. 1036 schenkte Graf Ulrich von Lenzburg dem Chorherrenstift Beromünster das Kirchlein von Hägglingen. Nach den Lenzburgern waren die Kyburger und später die Herren von Hallwyl (1273) Schutzherren von Hägglingen. Mit dem Kloster Beromünster wurde auch die Kirche von „Hackelingen“ am 23. Januar 1045 unter den Schutz des Kaisers gestellt. In einem päpstlichen Schutzbrief für das Kloster Muri sind auch dessen Güter in „Haclingin“ aufgeführt (18. März 1179 / Papst Alexander).

Mit der Eroberung der Freien Ämter durch die Eidgenossen kam auch Hägglingen 1415 unter deren gestrenge Herrschaft. Viel Unbill brachte auch die Zeit der Reformation, als Hägglingen oft im Kampfgebiet der verfeindeten Eidgenossen lag.

In den Jahren 1611/13 raffte eine Pestepidemie einen Viertel der Bevölkerung und drei Pfarrherren dahin, viele Häuser standen leer, ganze Geschlechter starben aus.

Die Kirche wurde im Jahre 1638 vergrössert und neu ausgestattet. Von 1999 - 2000 fand eine Innen- sowie Aussenrenovation statt.