Die Villmergerkriege (1656 und 1712) brachten wiederum Kriegsschrecken in die Gemeinde. Im Jahre 1656 wurde das ganze Dorf geplündert, die Kirche geschändet und viele Häuser niedergebrannt. Nach dem zweiten Villmergerkrieg stand Hägglingen mit dem ganzen unteren Freiamt unter den Vögten von Zürich, Bern und Glarus.